지방 투자기업 세금 1.5배 더 깎아준다…지방 중기 청년 소득세 최장 10년 감면[2026 세제개편]

R&D·투자 공제율 최대 50% 우대
중기 취업 청년 세금 감면 최대 10년
SMR 등 미래형 에너지는 국가전략기술 격상

정부가 지방 주도 성장을 촉진하고 국가 균형발전을 견인하기 위해 세제 지원 체계를 대대적으로 개편한다. 연구개발(R&D) 및 통합투자세액공제에 '지방우대 계수'를 도입해 지방 투자에 대한 공제율을 최대 1.5배까지 늘리고, 지방 기업 취업자에 대한 소득세 감면 기간을 최대 10년까지 확대하기로 했다. 아울러 위기를 맞은 석유화학 업계의 구조조정을 도울 패키지 세제 지원과 함께, 소형모듈원자로(SMR) 등 미래형 에너지를 국가전략기술에 새로 포함하는 방안도 세제개편안에 담겼다.

지방주도성장 강화…세제혜택 차등화 및 거주·창업 지원

서남권 반도체 클러스터 부지로 낙점된 광주 군공항 부지. 연합뉴스.

재정경제부가 3일 발표한 '2026년 세제개편안'에 따르면, 정부는 지방 투자 활성화를 위해 R&D 비용 세액공제(2~40%) 및 통합투자세액공제(1~30%) 적용 시 '지방우대 계수'를 신설해 공제 혜택을 차등화한다. 수도권을 기준(1.0)으로 둘 때, 비수도권 광역시는 1.1, 기타 비수도권은 1.3, 기타 비수도권 우대지역은 1.5의 계수를 곱해 세액공제율을 파격적으로 높인다. 4가지 그룹별 구체적 지역은 행정안전부 지방우대지수 등을 고려해 내년 2월 시행령으로 구체화할 계획이다.

지방으로의 인력 유입을 유도하기 위한 근로소득세 세제 지원도 대폭 강화된다. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 제도(청년 기준 현행 5년간 90% 감면, 연 200만원 한도)를 개편해, 비수도권 광역시는 6년, 기타 비수도권은 7년, 기타 비수도권 우대지역은 최대 10년까지 감면 기간을 연장한다. 60세 이상과 장애인 등도 기타 비수도권(3년 70%→80%), 기타 비수도권 우대지역(3년 70%→90%) 감면율이 크게 뛴다. 또한 기업이 비수도권으로 이전하거나 사업장을 신·증설할 때 이전 사업장의 근로자에게 지급하는 이주수당에 대한 근로소득세 비과세 한도(월 20만 원)를 기타 비수도권 우대지역의 경우 월 최대 50만 원까지 확대 신설한다.

지방 창업기업에 대한 법인세·소득세 감면율 역시 차등화 원칙이 적용된다. 기존에는 수도권 외 지방 중소기업 창업 시 50%를 일괄적으로 감면해 주었으나, 앞으로는 지역 세분화를 통해 기타 비수도권 60%, 기타 비수도권 우대지역은 70%까지 감면율을 올린다. 특히 기타비수도권 우대지역에서 점프업 중소기업은 80%, 청년 신산업 창업은 100%까지 감면율이 적용된다.

'전남광주통합특별시'의 투자진흥지구 및 문화산업진흥지구 내 창업기업에는 5년간 100%, 이후 2년간 50%의 법인세·소득세를 면제해 주는 파격적인 특례가 신설된다. 수도권 사업용 부동산 양도 후 기회발전특구 내 부동산을 대체 취득할 때 적용되는 양도차익 과세이연 기한도 3년 연장(~2029년 12월 31일)된다.

개인이 지방정부에 기부할 때 받는 고향사랑기부금 세액공제도 기부 지역에 따라 기타 비수도권 우대지역의 공제율을 상향 조정(10만~20만원 구간 40%→50%, 20만~2000만원 구간 15%→25%)한다. 다만 세제 지원만 받고 이행하지 않는 '위장 이전'을 막기 위해 감면 기간 중 투자·R&D·고용·상생출연금 등으로 환류한 금액이 감면세액의 30%에 미달할 경우 차액을 추징하는 사후관리 장치도 강화된다.

석유화학 사업재편 지원 및 미래형 에너지 국가전략기술 격상

주력 산업의 재편과 미래 성장동력 확보를 위한 전방위 세제 지원책도 포함됐다. 우선 석유화학 사업재편 기업에 대해 사업재편계획 종료 후 2년까지 투자·배당 및 상생협력 촉진세 50%를 감면한다. 아울러 투자 또는 금융채무 상환을 위해 자산을 매각할 경우 양도차익에 대한 법인세 과세이연을 현행 '4년 거치 3년 분할 익금산입'에서 '5년 거치 5년 분할 익금산입'으로 대폭 확대하고 일몰을 3년 연장(~2029년)한다.

에너지 안보 강화와 미래 전력 수요 대응을 위해 현행 '수소 분야' 국가전략기술을 SMR·초소형모듈원전(MMR) 기술 및 시설 등을 포함한 '미래형 에너지' 분야로 확대 개편한다. 이에 따라 해당 분야 R&D 투자 시 30~50%, 시설 투자 시 15~30%의 높은 세액공제율을 적용받게 된다. 연구개발 목적으로 임시 운행허가를 받은 자율주행 승용차에 대해서는 부가가치세 매입세액공제가 허용된다.

중소·벤처기업의 지속 성장과 안전 강화를 위한 대책도 다수 신설됐다. 중소기업 졸업 시 세제 혜택이 즉시 종료되던 방식을 개선해, 중소기업 특별세액감면 및 영상·웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제에 '점감구간'을 신설한다. 중소기업 졸업 유예기간(5년)이 지난 후에도 3년간 축소된 혜택(감면율 2분의 1 축소, 영상·웹툰은 공제율 12.5%)을 적용한 뒤 종료하도록 완충 지대를 마련했다.

중소기업이 산재·화재 예방 시설 등 안전설비에 투자할 경우 감가상각 기준내용연수를 25~50% 단축해 자산 취득 초기에 감가상각비를 크게 계상할 수 있는 '가속상각' 제도가 신설된다. 벤처투자의 경우 투자 대상 벤처기업의 업력 요건을 설립 후 7년 이내에서 10년 이내로 완화하고, 내국법인이 지방 인구감소지역 소재 벤처기업 등에 직접 출자 시 법인세 세액공제율을 5%에서 7%로 상향한다. 벤처투자회사 등의 주식 양도소득 비과세 특례는 상시화된다.

또한 연안해운 경쟁력 강화를 위해 '우수선화주기업' 인증을 받은 화주 기업이 3년 이상 장기계약을 체결할 경우 운송비용의 1%를 소득세·법인세에서 공제해 주는 과세특례가 신설된다.

세종=오유교 기자 5625@asiae.co.kr